как избавиться от плодовой мушки-дрозофиллы, которая упорно живет в земле моего лимона и уже пережир

Плодовые мушки дрозофилы живут исключительно на гниющих фруктах и овощах. В земле им не хватит питания. Так что это не они. Из насекомых примерно такого же размера т.н. "грибные комарики" - мушки сциариды. Избавиться от них можно несколько уменьшив частоту полива. Это и растениям не повредит. Т.к. сциариды размножаются в больших количествах только в полном болоте, где корням комнатных растений очень плохо.