НДС

У меня такой вопрос: ООО находится на общей системе налогообложения, между ООО и физическим лицом заключён договор комиссии, согласно, которому физическое лицо за вознаграждение обязуется заключить договора на оказание транспортных услуг по доставке товара, после этого физлицо предоставляет отчет комиссионера, в котором указывает, что им заключённ договор о оказаниии транспортных услуг с ООО "Перевозчик", данное ООО оказало мне транспортные услуги, физлицо расплатилось за данные услуги ден. средствами , полученными по договору комиссии. ООО выставило мне счет-фактуры с выделенным НДС, которые я отразила в книге покупок, по истечении отчетного периода, по данной сделке планирую применить налоговый вычет. В случае проведения проверки налоговой инспекции не возникнет ли вопроов об обоснованности применения налогового вычета по указанной сделки?